Monster Hunter Orage nous raconte l'histoire du jeune chasseur de monstre Shiki Ryûhô, qui vient de perdre son maître. Pour réaliser les idéaux de celui-ci, Shiki part en quête avec comme but de terrasser le légendaire monstre Miogaruna, "le dragon de la lumière interdite".

La première étape de son voyage est de trouver un co-équipier (les chasseurs agissent généralement par nombre paire), et Shiki va voir son attention attirée par Irie, une chasseuse redoutable. Malgré son désaccord initial, celle-ci finie par accepter la proposition de Shiki et c'est comme ça que l'aventure de nos deux jeunes héros commence.